苏木素和伊红在组织学上被经常使用，与碘液不同，这是一种永久染色剂。其他常用的含有苏木素的染色剂有磷钨酸苏木素染色剂，也就是磷钨酸与苏木素的混合物。
苏木素染色剂经常为组织的研究使用，明矾和三价铁盐常常被用作媒染剂，展示核和细胞质结构。
这些媒染剂的原理都是形成媒染剂－染料－组织复合体，从而显示颜色。
使用的盐不同颜色也不同： 当用铁盐呈现深蓝色颜色沉淀，用铝盐通常显示蓝白色。
下面分别介绍铝苏木素溶液和铁苏木素溶液。
铝苏木素溶液：能够把细胞核染成半透明的浅蓝色，在酸性环境下会迅速变成红色。作为媒染剂使用的钾铝硫酸盐在碱性溶液通常结合与氢氧根形成不能溶解的氢氧化铝。
在过量的酸中，氢氧化铝由于缺乏OH-离子而溶解,因此,铝苏木素溶液的酸性溶液变成红色。 在铝苏木素溶液染色时，被染色的部分通常转移到一种碱性溶液中，中和酸并释放氢氧根，形成一个不溶的蓝色铝苏木精复合物。
铁苏木素溶液：使用氯化铁铵作为媒染剂不能长期保存。铁苏木精溶液能够用于几乎所有的固定剂，而且如果用于媒染的过量的铁离子都被冲洗净的话，能够永久着色。在酒精中浸泡多年的组织往往不易着色，这时就可以选择铁苏木素染色，效果很好。铁苏木素溶液会把细胞核染成灰黑色，常常用于显微照相。