甲苯胺蓝是常用的人工合成染料的一种属于醌亚胺染料类，是碱性染料，甲苯胺蓝中的阳离子有染色作用，组织细胞的酸性物质与其中的阳离子相结合而被染色，可染细胞核使之呈蓝色；肥大细胞胞质内含有肝素和组织胺等异色性物质遇到甲苯胺蓝可呈异染性紫红色，可用于尖锐湿疣的初筛及肥大细胞的检测。不推荐用于软骨、胃粘膜等难染组织的染色。
肥大细胞的染色:
（1）组织脱蜡至水。
（2）蒸馏水浸洗2-3次。
（3）甲苯胺蓝染液染20-30min。
（4）稍水洗，洗去多余染色液。
（5）95%酒精分色，在镜下控制分色效果。
（6) 用100%酒精脱水。
（7）二甲苯透明，中性树胶封片。
肥大细胞染色结果：肥大细胞颗粒呈红紫色，胞核呈蓝色。
细胞涂片染色 ：
（1）细胞涂片后，立即放入95%的乙醇中固定，取出放在纸巾上。 
（2）滴加1～2滴稀释后的甲苯胺蓝染色液进行滴染，加盖玻片让染料渗透到细胞中。
（3）后将玻片竖起，稍加压力，使多余染料被纸巾吸去。
（4）无需干燥，直接镜检。
细胞涂片染色结果：细胞核、淋巴细胞呈深蓝色；核仁呈紫红色；红细胞呈橘红；细胞质、单核细胞呈淡蓝色。
原位杂交染色 ：
（1）用蒸馏水或去离子水稀释到相应的浓度，凭经验一般稀释比例大于1:10。
（2） 玻片在稀释好的染色液中短暂浸泡。
（3） 在蒸馏水或去离子水浸泡数次。
（4） 按需求进行压片固定。
神经元细胞的染色：
（1）将载有细胞的玻片取出放入4％多聚甲醛中固定1h左右；
（2）到时间后取出用PBS冲洗1～2次即可；
（3）然后加入提前预热的1％甲苯胺蓝溶液，在50度左右的气浴或水浴中染色20～30min；
（4）用梯度酒精已次脱水，分别为75％、90％、100％，也可自定梯度；
（5）在镜下控制分色效果，这一步不太好掌握；
神经元细胞染色结果：可见尼氏小体深蓝色颗粒，细胞核呈淡蓝色，背景基本无色。
        上海吉至生化科技有限公司自产产品1%甲苯胺蓝染色液，产品编号号为T82960，主要用于生化实验中肥大细胞的检测。