DAPI溶液，也称DAPI dihydrochloride，是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，和双链DNA结合后可以产生比DAPI自身强20多倍的荧光。和EB(ethidium bromide)相比，对双链DNA的染色灵敏度要高很多倍。因为DAPI是含有特定AT序列DNA的一种嵌入剂，它能像Hoechst染料一样粘附在DNA双螺旋的小沟区。
尽管DAPI不能通过活细胞膜，但却能穿透扰乱的细胞膜而对核染色。DAPI具有很高的光漂白承受水平，能用来检测酵母线粒体DNA，叶绿体DNA，病毒DNA，microplasm DNA以及染色体DNA。DAPI-DNA复合物的激发和发射波长分别为360nm和460nm。
DAPI染色常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。DAPI也常用于普通的细胞核染色以及某些特定情况下的双链DNA染色。

API溶液使用过程：

1、用1mL ddH₂O将DAPI溶解，制得2.9mM的DAPI溶液（1mgDAPI/1mL H2O）。
DAPI不能直接用PBS等缓冲溶液溶解，需要先用水将其溶解。
2、取适量DAPI水溶液加到PBS中，制备成10~50µM的DAPI溶液。 推荐以下PBS的配制方法： 将8.00g NaCl、0.20g KCl、2.9g Na₂HPO₄·12H₂O、0.2g KH₂PO₄溶解于1L纯水中。
3、将1/10培养基体积的DAPI溶液加入到细胞培养基中。也可以1/10浓度的DAPI缓冲液代替培养基。
4、在37℃培养细胞10~20分钟。
5、用PBS或合适的缓冲液洗细胞两次。
6、用带有360nm激发波长，460nm发射波长的滤光片的荧光显微镜观察细胞。